W 1969 roku Ford Mustang doczekał się pierwszej dużej modernizacji, która przyniosła m.in. większe nadwozie, potężniejsze silniki oraz całkiem nowe wersje specjalne. W efekcie Mustang z 1969 roku jest jednym z najbardziej uznanych modeli w całej historii amerykańskiej motoryzacji.
Zmiany stylistyczne wprowadzone w Mustangu z 1969 roku były dosyć zaawansowane. Boczne wloty powietrza usunięto ze wszystkich standardowych wersji z wyjątkiem nadwozia fastback – w nim wloty osadzono wysoko na tylnym błotniku. Zmienił się emblemat Mustanga na chłodnicy – zamiast dużego loga na środku wykorzystano mniejsze, umieszczone z boku. Na osłonie chłodnicy umieszczono dodatkową parę reflektorów.
Ford Mustang z 1969 roku był dłuższy o 97 mm od poprzednich modeli, ale zachowano rozstaw osi wynoszący 2743 mm. Szerokość nadwozia zwiększono o 20 mm. Linie nadwozia z boku oraz z tyłu zostały wygładzone. Bardziej spiczasty przód maski nadał jej kształt przypominający nieco literę „V”. Większe i szersze szyby przełożyły się natomiast na poprawę widoczności. W przypadku wersji fastback usunięto również wloty po bokach w tylnej części opadającego dachu – w ich miejscu pojawiła się odznaka z logo galopującego konia.
Rok modelowy 1969 wprowadził nową wersję – Mustang Mach 1, której nazwa nawiązywała do samochodu pokazowego z 1966 roku. Ta odmiana przypominała z zewnątrz Mustanga GT w nadwoziu fastback, ale oferowała bardziej luksusowe wnętrze. Wizualnie Mach 1 odróżniał się m.in. czarnym malowaniem na masce, chromowanymi listwami na progach, a także pasami malowanymi na bokach samochodu.
W 1969 roku wprowadzono do oferty również inną luksusową wersję – Mustang Grande, która występowała wyłącznie w nadwoziu z twardym dachem. Podczas konfiguracji Mustang Grande oferował 45 ekskluzywnych opcji wykończenia wnętrza. Wśród nich znalazły się m.in. unikalna tapicerka „Comfortweave”, deska rozdzielcza z imitacją drewna, wyściełane panele boczne, grubsza wykładzina podłogi, lusterka w wyścigowym stylu, chromowane listwy na progach, a także wyjątkowy wzór obręczy.
W Mustangu Grande w standardzie montowano również kierownicę Rim Blow, w której klakson aktywuje się poprzez ściśnięcie koła kierownicy. Z zewnątrz model Grande nie odróżniał się od standardowego Mustanga – zdradzał go tylko emblemat „Grande” osadzony na słupku dachowym.
Ford Mustang BOSS pojawił się w 1969 roku w dwóch odmianach – 302 oraz 429. Wersja 302 otrzymała 5-litrowy silnik V8 o mocy 290 KM. BOSS 429 wykorzystywał natomiast potężną jednostkę V8 o pojemności 7 litrów, która rozwijała oficjalnie 375 KM, jednak odpowiednie dostrojenie silnika miało umożliwiać osiągnięcie nawet ponad 500 KM. Tak duży silnik wymagał m.in. przeprojektowania zawieszenia oraz przeniesienia akumulatora do bagażnika. Tym, co wyróżniało Forda Mustanga BOSS 429, był wyjątkowo duży wlot powietrza umieszczony na masce.
Zmiany z 1969 roku objęły też Mustanga w wersji Shelby, który znacząco zmienił się w porównaniu z poprzednimi latami. Zarówno odmiana Shelby GT350, jak i Shelby GT500 została oparta na nadwoziu wersji Mach 1. Na bokach umieszczono aż cztery wloty powietrza – po jednym obok każdego koła. Przód samochodu stał się bardziej wysunięty, a dookoła obszaru z atrapą chłodnicy i światłami umieszczono chromowany zderzak. Błotniki oraz tylny spoiler wykonano z włókna szklanego. W GT350 wykorzystano większy silnik – 5,8-litra o mocy 290 KM. Wersja GT500 zachowała tę samą jednostkę, co wcześniejszy rocznik.