Produkcja modelu Ford Mustang z rocznika modelowego 1965 rozpoczęła się już w sierpniu 1964 i trwała do lipca 1965. Zmiany w stosunku do wcześniejszego rocznika obejmowały m.in. nowe kolory karoserii i wnętrza, a także nowe mocniejsze silniki. W Mustangach rocznik 1965 w standardzie oferowano 14-calowe koła, zmieniły się także detale, jak ramki reflektorów, które nie były od tej pory „ścięte”.
Wśród zmian wprowadzonych wraz z Mustangiem 1965 znalazły się rozwiązania poprawiające komfort, jak np. szerszy rozstaw śrub w przekładni, który przyczynił się do obniżenia hałasu oraz wibracji. Ponadto generator prądu stałego stosowany w starszym roczniku zastąpiono alternatorem prądu zmiennego – dlatego skutecznym sposobem na odróżnienie roczników 1964 i 1965 jest sprawdzenie, czy kontrolka alternatora wyświetla skrót „GEN”, czy „ALT”.
Wśród nowości, które wprowadził Mustang z 1965, znalazło się wykończenie nazywane „Pony Interior”. Jego charakterystycznym elementem były wytłoczone na siedzeniach emblematy galopujących kucyków. Ponadto „Pony Interior” obejmowało również m.in. zintegrowane podłokietniki, okrągłą tablicę wskaźników zastępującą starsze zegary zapożyczone z modelu Falcon, a także akcenty z drewna.
Rocznik 1965 Forda Mustanga wprowadził również charakterystyczną wersję nadwozia fastback, z bardziej płynnie opadającą linią dachu. W gamie silników zastąpiono sześciocylindrową jednostkę 2,8-litra o mocy 105 KM – w jej miejsce wprowadzono również sześciocylindrowy silnik 3,3-litra o mocy 120 KM. Wśród silników V8 znalazły się wyłącznie jednostki o pojemności 4,7-litra w czterech wersjach mocy – 200 KM, 225 KM, 271 KM, a także 306 KM – ostatnia opcja była wykorzystywana w odmianie Shelby GT350.
Nowością wprowadzoną w kwietniu 1965 był pakiet wyposażenia GT, w którego skład wchodziły m.in. usztywnione zawieszenie, mocniejsze silniki 225 KM lub 271 KM, czy podwójny wydech w standardzie. Mustang GT z 1965 wprowadzał również dodatki wizualne, takie jak np. plakietki z logo „GT”.
W 1965 roku pojawił się także pierwszy Mustang Shelby GT350. Wszystkie Mustangi Shelby GT350 wykorzystywały nadwozia typu fastback i jako wersje szczególnie sportowe, nie miały tylnych siedzeń. Oznaczenie ulicznej odmiany to GT350, wersja torowa to natomiast GT350R. Modyfikacje wersji Shelby obejmowały m.in. maskę z włókna szklanego z wlotem powietrza i boczny wydech. Przycisk klaksonu przesunięto na deskę rozdzielczą, ponieważ nie pasował do sportowej, trójramiennej kierownicy.