Historia samochodów Saab 9-3 rozpoczęła się pod koniec lat 90. XX wieku, kiedy to szwedzki producent samochodów postanowił stworzyć nowy model mający kontynuować tradycję marki. Model 9-3 był bezpośrednim następcą popularnego Saaba 900 i w założeniach miał być bardziej nowoczesny, komfortowy oraz bezpieczny.
Saab 9-3 zadebiutował w 1998 roku jako samochód klasy średniej, oferowany jako 3- oraz 5-drzwiowy hatchback. W 1999 roku do oferty dołączyła także odmiana cabrio. W porównaniu do poprzednika, 9-3 otrzymał szereg udoskonaleń, zarówno jeśli chodzi o stylistykę, jak i technikę. Wśród najważniejszych zmian warto wymienić bardziej opływowe nadwozie, unowocześnione wnętrze oraz poprawione zawieszenie.
W gamie silnikowej Saaba 9-3 oferował jednostki benzynowe o pojemnościach 2.0 i 2.3 litra, zarówno w wersjach z turbodoładowaniem, jak i bez turba, oraz wysokoprężne silniki 2.2 TiD. Wszystkie jednostki napędowe były sprzężone z manualną skrzynią biegów, choć opcjonalnie dostępna była również automatyczna. W 2000 roku wprowadzono również do oferty wersję Viggen, którą napędzał 2.3-litrowy silnik z turbodoładowaniem o mocy 230 koni mechanicznych.
W 2002 roku Saab przeprowadził lifting pierwszej generacji modelu 9-3, wprowadzając szereg zmian mających na celu poprawę jakości i wyglądu pojazdu. Zmiany obejmowały między innymi nowe reflektory, zderzaki oraz wnętrze z lepszymi materiałami wykończeniowymi.
Druga generacja Saaba 9-3 pojawiła się w 2003 roku i była oferowana jako 4-drzwiowy sedan, 5-drzwiowe kombi (od 2005 roku) oraz kabriolet. Nowy model oparty był na płycie podłogowej GM Epsilon, co zaowocowało znacznym wzrostem rozmiarów i masy pojazdu. Wprowadzono także nowe jednostki napędowe, w tym turbodoładowane silniki benzynowe o pojemnościach 1.8, 2.0 oraz 2.8 V6, oraz diesle 1.9 TiD i TTiD.
W 2007 roku Saab 9-3 przeszedł kolejny lifting, którego celem było przybliżenie wyglądu modelu do nowszych samochodów marki, takich jak 9-5. Zmiany objęły przede wszystkim przód pojazdu, w tym nową atrapę chłodnicy, reflektory oraz zderzaki. Równocześnie wprowadzono usprawnienia w zakresie zawieszenia, układu hamulcowego oraz bezpieczeństwa.
Saab 9-3 słynął z wysokiego poziomu bezpieczeństwa oraz innowacyjnych rozwiązań technologicznych. Przykładem takiego rozwiązania jest system Saab Active Head Restraints (SAHR), mający na celu zmniejszenie ryzyka urazów szyi podczas wypadku. W testach zderzeniowych przeprowadzonych przez Euro NCAP model 9-3 zdobył 5 gwiazdek, co świadczy o wysokim poziomie ochrony pasażerów.
W 2011 roku, z powodu kłopotów finansowych, Saab ogłosił upadłość, co doprowadziło do zakończenia produkcji modelu 9-3. Niemniej jednak, w 2013 roku chińsko-szwedzka firma National Electric Vehicle Sweden (NEVS) nabyła prawa do marki Saab i wznowiła produkcję 9-3 w wersji elektrycznej. Model ten był produkowany w ograniczonych ilościach do 2014 roku, kiedy to zaprzestano produkcji z powodu problemów z dostawcami.
Mimo upadku marki Saab, model 9-3 wciąż cieszy się uznaniem wśród miłośników motoryzacji. Jego niepowtarzalny design, bezpieczeństwo oraz innowacyjne rozwiązania technologiczne sprawiają, że pozostaje atrakcyjnym samochodem na rynku wtórnym. Wielu entuzjastów marki Saab uważa, że 9-3 był jednym z ostatnich "prawdziwych" samochodów tej szwedzkiej firmy, reprezentujących wartości, które przyczyniły się do jej światowego uznania.